免費試用！智慧芽上線全球首個通式序列比對算法，檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列

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“首家向用戶開放免費注冊的生物序列商業(yè)數(shù)據(jù)庫。”

來源：IPRdaily中文網(wǎng)（iprdaily.cn）

引言

FTO（Freedom to Operate）專利檢索與分析是醫(yī)藥企業(yè)評估專利侵權(quán)風(fēng)險的有效手段，充分掌握并實施FTO專利檢索與分析有助于醫(yī)藥企業(yè)更好地降低風(fēng)險、減少損失。在進(jìn)行FTO調(diào)查的過程中，檢索數(shù)據(jù)庫的選擇至關(guān)重要。FTO檢索是查全性檢索，如果選擇的數(shù)據(jù)庫檢索不全面，就會增加一定的侵權(quán)風(fēng)險，因此保證檢索式命中結(jié)果的全面性和準(zhǔn)確性，至關(guān)重要。

在生物醫(yī)藥領(lǐng)域FTO專利檢索中，除了利用專利數(shù)據(jù)庫構(gòu)建檢索式外，對于生物序列的檢索，還要使用特定的生物序列檢索工具進(jìn)行檢索。

2023年6月，智慧芽旗下生物序列數(shù)據(jù)庫（簡稱"Bio"）重磅上線全球首個通式序列比對算法，檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列。同年10月，Bio免費版正式上線并開放注冊。

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一、通式序列檢索輻射萬億序列

背景：專利撰寫人員會在序列中引入簡并符、通配符和運(yùn)算符等信息，并通過大段解釋性文檔描述這些符號的具體參數(shù)。通式序列并不具備生物學(xué)意義，它主要用于擴(kuò)展專利的保護(hù)范圍并設(shè)置搜索障礙。傳統(tǒng)的序列同源性比對算法并沒有考慮到這種通式序列的情況，因此使用傳統(tǒng)算法進(jìn)行搜索存在漏檢風(fēng)險，無法找出所有潛在目標(biāo)序列。

根據(jù)智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計顯示，在全球?qū)＠墨I(xiàn)中，這種特殊的通式序列數(shù)量并不低：核酸約740萬條，占總核酸數(shù)的7.12%；蛋白序列131萬條，占總蛋白序列數(shù)的7.55%。這表明大量的通式序列，由于特殊符號的存在，會對檢索結(jié)果產(chǎn)生影響，對于序列FTO來說風(fēng)險非常高。

例如，查詢序列

"EVGSYPAPSDACPSDYFYCDASGRSAGGGGTENLYFQGSGGS"，

在命中目標(biāo)序列時，

"EVGSYXXXXX XCXXXXXXCX XSGRSAGGGG TENLYFQGSG GS"。

使用傳統(tǒng)序列方式檢索，BLAST算法的相似度僅為67%，但實際上相似度為100%。這種生物序列通過常規(guī)算法搜索會導(dǎo)致兩種情況：要么序列無法搜索，要么由于相似度低于閾值而被排除在結(jié)果之外。無論哪種情況，都會給序列搜索人員帶來不便，無法方便地與權(quán)利要求進(jìn)行同源性比較，甚至?xí)z關(guān)鍵序列信息。

為了解決通式序列帶來的漏檢風(fēng)險，智慧芽算法工程團(tuán)隊利用自研的NLP、CV、實體識別、指代消解等技術(shù)，構(gòu)建了深度學(xué)習(xí)模型，用于識別和解析序列表和專利全文中的通式序列及其取代信息，并建立了通式序列檢索庫。

圖：智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫通式序列檢索入口

該庫通過特殊的序列比對算法，在通式序列檢索時不僅能夠搜索這類序列，還能返回真實的相似度。智慧芽的通式序列檢索解決方案能夠進(jìn)一步降低在專利FTO和查新工作中的漏檢風(fēng)險。

圖：智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫通式序列檢索示意

二、Bio免費版全面開放注冊

常見的公共免費序列檢索數(shù)據(jù)庫，往往存在專利數(shù)據(jù)收錄不全、算法以及保密等問題，不適合用于嚴(yán)謹(jǐn)?shù)姆狼謾?quán)分析。所以，在進(jìn)行FTO專利檢索與分析時，常選擇數(shù)據(jù)收錄和算法均能滿足防侵權(quán)分析的商業(yè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列檢索。智慧芽Bio作為主流商業(yè)數(shù)據(jù)庫之一，今年10月重磅宣布免費版正式上線并開放注冊。歡迎新老用戶掃碼注冊使用！

無論您是致力于開發(fā)新型癌癥治療方法的生物科學(xué)家，希望了解可能影響藥物反應(yīng)的不同序列變異，還是需要進(jìn)行成果序列可專利性分析及FTO工作的知識產(chǎn)權(quán)律師，智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫均是幫助您解鎖和理解復(fù)雜生物序列的重要工具。

免費版權(quán)限：常規(guī)搜索、短序列搜索、Motif搜索各5次、可使用變異過濾查看變異報告、可查看來自序列索引專利、序列索引公開庫、人工標(biāo)注序列的50條序列詳情。

免費版申請及使用入口：bio.zhihuiya.com

數(shù)據(jù)全面準(zhǔn)確：智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫收錄海量全球生物序列相關(guān)數(shù)據(jù)，并基于AI與人工標(biāo)注數(shù)據(jù)，高效保障準(zhǔn)確性，滿足用戶的序列檢索分析需求。

功能豐富：

功能：通式檢索、常規(guī)檢索、短序列檢索、Motif搜索、片段搜索、組合檢索、抗體搜索、藥物/基因索引

工具：序列助手、序列比對、工作空間、郵件提醒、sequence_suite、高級設(shè)置、過濾篩選

圖：智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫功能

圖：抗體檢索結(jié)果

圖：序列助手示意圖

檢索清晰便捷：檢索簡單易上手，界面友好，數(shù)據(jù)庫部分界面截圖如下：

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（原標(biāo)題：智慧芽生物序列數(shù)據(jù)庫「通式序列+免費版」王炸組合等你來?。?br/>

來源：IPRdaily中文網(wǎng)（iprdaily.cn）

編輯：IPRdaily辛夷          校對：IPRdaily縱橫君

注：原文鏈接：免費試用！智慧芽上線全球首個通式序列比對算法，檢索專利中隱藏的“萬億序列”的通式序列（點擊標(biāo)題查看原文）

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